Ceritanya berlatarkan tahun 2027, satu tahun setelah berakhirnya perang non-nuklir keempat. New Port City masih terhuyung-huyung akibat perang ketika mengalami pemboman yang disebabkan oleh ranjau self-propelled. Kemudian, seorang anggota militer yang terlibat dalam suap penjualan senjata ditembak mati. Selama penyelidikan, Daisuke Aramaki dari Bagian Keamanan Publik bertemu dengan Motoko Kusanagi, cyborg, peretas tingkat penyihir yang ditugaskan di Unit Rahasia 501 militer. Batou, pria dengan “mata yang tidak bisa tidur”, mencurigai Kusanagi yang berada di balik pengeboman. Detektif Polisi Prefektur Niihama Togusa sedang mengejar dua kasusnya sendiri yaitu penembakan mati dan pembunuhan seorang pelacur. Motoko sendiri diawasi oleh Kurutsu kepala Unit Rahasia 501 dan agen cyborg.
