Di masa depan yang dekat, umat manusia telah dikalahkan oleh parasit virus yang dikenal sebagai Gastrea. Mereka diasingkan ke wilayah kecil dan hidup dalam keputusasaan, berdampingan dalam ketakutan.
Di dunia yang terperangkap dalam kegelapan—
Rentaro, seorang anak laki-laki yang tinggal di dekat Tokyo dan anggota dari “Civil Security”—organisasi yang mengkhususkan diri dalam melawan Gastrea—sudah terbiasa menyelesaikan tugas-tugas berbahaya. Rekannya adalah Enju, seorang gadis muda yang cerdas. Mereka berjuang dengan kekuatan unik mereka hingga suatu hari, ketika mereka menerima tugas khusus dari pemerintah. Misi rahasia ini adalah untuk mencegah kehancuran Tokyo…
Berlatar di masa depan yang dekat, kisah heroik penuh aksi yang mendebarkan ini… dimulai sekarang!