Diclonius, seorang homo sapien bermutasi yang dikatakan dipilih oleh Tuhan dan pada akhirnya akan menjadi pemusnah umat manusia, memiliki dua tanduk di kepalanya, dan memiliki “indra keenam” yang memberinya kemampuan telekinetik. Karena kekuatan berbahaya ini, mereka telah ditangkap dan diisolasi di laboratorium oleh pemerintah.Lucy, Diclonius muda dan psikotik, berhasil membebaskan diri dari kungkungannya dan secara brutal membunuh sebagian besar penjaga di laboratorium, hanya untuk tertembak di kepala saat dia melarikan diri. Dia bertahan dan berhasil hanyut ke pantai, di mana dua remaja bernama Kouta dan Yuka menemukannya. Setelah kehilangan ingatannya, dia diberi nama berdasarkan satu-satunya hal yang sekarang bisa dia katakan, “Nyuu,” dan keduanya mengizinkannya untuk tinggallah di rumah Kouta. Namun, tampaknya si jahat “Lucy” belum mati…