Mengikuti kesuksesan di Camelot Singularity, Ritsuka Fujimaru dan Mash Kyrielight ditugaskan ke Singularity terakhir dalam inisiatif Grand Order. Di Babilonia Kuno, 2500 SM, mereka memulai misi untuk mengamankan kelangsungan hidup umat manusia. Setibanya di sana, mereka mengetahui bahwa tiga dewa telah mengancam Uruk, kota Babilonia yang diperintah oleh Raja Gilgames. Ritsuka dan Mash harus bekerja sama untuk menangkis invasi binatang misterius di Uruk di bawah perintah Gilgamesh sambil menyelidiki sifat sebenarnya dari tindakan tiga dewa terhadap umat manusia; tetapi tanpa sepengetahuan Ritsuka, entitas kuno perlahan bangkit dari tidurnya.