Empat belas tahun setelah mengalahkan prajurit abadi Himuro Genma dan menggagalkan rencana jahat Shogun of the Dark, Kibagami Jubei terus berkeliaran di seluruh Jepang sebagai ahli pedang. Selama perjalanannya, dia bertemu dengan Shigure, seorang pendeta wanita yang belum pernah melihat dunia di luar desanya. Tapi ketika sekelompok iblis menghancurkan desa dan membunuh semua orang, Jubei menjadi target utama setelah mendapatkan Permata Naga — sebuah batu dengan asal yang tidak diketahui. Sementara itu, Shigure — bersama biksu Dakuan dan seorang pencuri muda bernama Tsubute — melakukan perjalanan ke desa Yagyu. Dan dengan dua klan iblis sekarang memburu Shigure, Dakuan sekali lagi harus mendapatkan layanan dari Jubei untuk melindungi Pendeta Cahaya.
