Pada tahun 2242, sisa-sisa umat manusia terpaksa hidup di kota-kota seperti gelembung yang tersebar di tanah yang hancur. Bersembunyi dari hujan beracun dan bentuk kehidupan yang bermusuhan yang dikenal sebagai Enders, mereka bertahan hidup berkat sumber energi baru dari kristal AO. Mereka yang bertugas untuk mengambil kristal AO dengan risiko nyawa disebut sebagai drifters, yang mengendalikan tank bipedal yang serbaguna dengan dukungan android tempur bernama magus.
Saat menjelajahi reruntuhan terpencil dengan teman drifter yang berbakat, Tokio, calon drifter Kanata menemukan Noir, seorang magus yang tampaknya utuh dalam stasis. Meskipun dia bangun sendiri, Noir kehilangan ingatannya dan tidak membantu dalam pekerjaan Kanata. Namun, ketika serangan Enders terjadi, Kanata menemukan bahwa Noir memiliki kemampuan pertarungan luar biasa. Kini, pasangan ini memulai perjalanan untuk tidak hanya menerangi masa lalu Noir, tetapi juga untuk mengungkap lokasi Histoire—kota mitos yang menyimpan rahasia dunia yang selalu diimpikan oleh Kanata untuk dikunjungi.
