Cerita ini berkisar pada seorang siswi SMA tahun pertama, Teiichi Niiya yang baru saja mendaftar di Seikyou Private Academy. Ketika ia tersesat di salah satu gedung lama sekolah, ia bertemu dengan seorang gadis bernama Yuuko Kanoe yang mengungkapkan dirinya sebagai hantu tanpa ingatan. Teiichi kemudian memutuskan untuk menyelidiki kematiannya dengan menyelidiki Tujuh Misteri yang terkenal dari sekolah tersebut bersama dengan Kirie Kanoe, kerabat Yuuko, dan Momoe Okonogi, siswa tahun kedua yang tidak menyadari keberadaannya. Sepanjang cerita, Teiichi dan Yuuko menemukan kebenaran tentang kisah-kisah hantu ini dan membantu mereka yang sedang bermasalah sambil semakin mendekati kebenaran di balik kematian Yuuko.
